許多 MySQL 程式都有可以使用 SET 陳述式在執行時設定的內部變數。請參閱 第 15.7.6.1 節，〈SET 變數賦值語法〉和 第 7.1.9 節，〈使用系統變數〉。

大部分這些程式變數也可以在伺服器啟動時，使用與指定程式選項相同的語法來設定。例如，mysql 有一個 max_allowed_packet 變數，用於控制其通訊緩衝區的最大大小。若要將 mysql 的 max_allowed_packet 變數設定為 16MB 的值，請使用下列其中一個命令

mysql --max_allowed_packet=16777216
mysql --max_allowed_packet=16M

第一個命令以位元組指定值。第二個命令以 MB 指定值。對於採用數值的變數，可以使用 K、M 或 G 的後綴來表示 1024、1024² 或 1024³ 的乘數。（例如，當用於設定 max_allowed_packet 時，後綴表示千位元組、MB 或 GB 的單位。）從 MySQL 8.0.14 開始，後綴也可以是 T、P 和 E，以表示 1024⁴、1024⁵ 或 1024⁶ 的乘數。後綴字母可以是大小寫。

在選項檔案中，變數設定不包含前導破折號

[mysql]
max_allowed_packet=16777216

或

[mysql]
max_allowed_packet=16M

如果您願意，選項名稱中的底線可以指定為破折號。以下選項群組是等效的。兩者都會將伺服器的金鑰緩衝區大小設定為 512MB

[mysqld]
key_buffer_size=512M

[mysqld]
key-buffer-size=512M

當在程式調用時設定變數時，可以使用用於指定值乘數的後綴，但不可以使用 SET 在執行時設定值。另一方面，使用 SET，您可以使用運算式來指派變數的值，這在您於伺服器啟動時設定變數時是不正確的。例如，下列行的第一行在程式調用時是合法的，但第二行則不是

$> mysql --max_allowed_packet=16M
$> mysql --max_allowed_packet=16*1024*1024

相反地，下列行的第二行在執行時是合法的，但第一行則不是

mysql> SET GLOBAL max_allowed_packet=16M;
mysql> SET GLOBAL max_allowed_packet=16*1024*1024;