除了空間索引外，InnoDB 索引是 B 樹資料結構。空間索引使用 R 樹，這是一種用於索引多維資料的特殊資料結構。索引記錄儲存在其 B 樹或 R 樹資料結構的葉頁中。索引頁面的預設大小為 16KB。頁面大小由初始化 MySQL 實例時的 innodb_page_size 設定決定。請參閱 第 17.8.1 節「InnoDB 啟動配置」。

當新記錄插入到 InnoDB 叢集索引中時，InnoDB 會嘗試保留 1/16 的頁面空間，以供未來插入和更新索引記錄。如果索引記錄以循序方式插入（升序或降序），則產生的索引頁面約為 15/16 滿。如果記錄以隨機順序插入，則頁面會從 1/2 到 15/16 滿。

建立或重建 B 樹索引時，InnoDB 會執行大量載入。這種索引建立方法稱為排序索引建立。innodb_fill_factor 變數定義在排序索引建立期間填滿每個 B 樹頁面的空間百分比，剩餘空間則保留給未來索引成長。空間索引不支援排序索引建立。如需詳細資訊，請參閱 第 17.6.2.3 節「排序索引建立」。innodb_fill_factor 設定為 100 時，會在叢集索引頁面中保留 1/16 的空間，以供未來索引成長。

如果 InnoDB 索引頁面的填滿因子降至低於 MERGE_THRESHOLD（如果未指定，預設為 50%），InnoDB 會嘗試縮減索引樹以釋放頁面。MERGE_THRESHOLD 設定適用於 B 樹和 R 樹索引。如需詳細資訊，請參閱 第 17.8.11 節「配置索引頁面的合併閾值」。