若要在截斷 InnoDB 資料表時回收作業系統磁碟空間，資料表必須儲存在自己的 .ibd 檔案中。若要讓資料表儲存在自己的 .ibd 檔案中，建立資料表時必須啟用 innodb_file_per_table。此外，被截斷的資料表與其他資料表之間不能有外部鍵約束，否則 TRUNCATE TABLE 操作會失敗。但是，允許在同一個資料表的兩個欄位之間存在外部鍵約束。

當截斷資料表時，它會在新的 .ibd 檔案中被捨棄並重新建立，並且釋放的空間會返回給作業系統。這與截斷儲存在 InnoDB 系統表格空間中的 InnoDB 資料表 (當 innodb_file_per_table=OFF 時建立的資料表) 以及儲存在共用一般表格空間中的資料表不同，在截斷資料表之後，只有 InnoDB 可以使用釋放的空間。

截斷資料表並將磁碟空間返回給作業系統的能力，也表示實體備份會更小。截斷儲存在系統表格空間 (當 innodb_file_per_table=OFF 時建立的資料表) 或一般表格空間中的資料表會在表格空間中留下未使用的空間區塊。