除了空間索引之外，InnoDB 索引都是 B 樹資料結構。空間索引使用 R 樹，這是用於索引多維資料的專用資料結構。索引記錄儲存在其 B 樹或 R 樹資料結構的葉頁中。索引頁面的預設大小為 16KB。頁面大小由初始化 MySQL 實例時的 innodb_page_size 設定決定。請參閱第 17.8.1 節，「InnoDB 啟動設定」。

當新記錄插入到 InnoDB 叢集索引時，InnoDB 會嘗試將 1/16 的頁面保留空白，以供日後插入和更新索引記錄。如果索引記錄依序（升序或降序）插入，則產生的索引頁面約為 15/16 滿。如果記錄以隨機順序插入，則頁面將從 1/2 到 15/16 滿。

InnoDB 在建立或重建 B 樹索引時執行大量載入。這種索引建立方法稱為排序索引建立。innodb_fill_factor 變數定義了排序索引建立期間填滿每個 B 樹頁面的空間百分比，剩餘空間保留用於日後的索引成長。空間索引不支援排序索引建立。如需詳細資訊，請參閱第 17.6.2.3 節，「排序索引建立」。innodb_fill_factor 設定為 100 會將叢集索引頁面中 1/16 的空間保留空白，以供日後索引成長。

如果 InnoDB 索引頁面的填滿因數低於 MERGE_THRESHOLD，預設情況下，如果未指定，則為 50%，InnoDB 會嘗試收縮索引樹以釋放頁面。MERGE_THRESHOLD 設定同時適用於 B 樹和 R 樹索引。如需詳細資訊，請參閱第 17.8.11 節，「設定索引頁面的合併閾值」。