如果您需要在執行伺服器時指定啟動選項，可以在命令列上指定它們，或將它們放置在選項檔案中。對於每次伺服器啟動時都會使用的選項，您可能會發現使用選項檔案來指定 MySQL 設定最方便。在下列情況下尤其如此：

當 MySQL 伺服器在 Windows 上啟動時，它會在數個位置尋找選項檔案，例如 Windows 目錄、C:\ 和 MySQL 安裝目錄（完整的位置清單，請參閱第 6.2.2.2 節，「使用選項檔案」）。Windows 目錄通常會命名為類似 C:\WINDOWS 的名稱。您可以使用下列命令從 WINDIR 環境變數的值來判斷其確切位置：

C:\> echo %WINDIR%

MySQL 會在每個位置中先尋找 my.ini 檔案中的選項，然後尋找 my.cnf 檔案中的選項。但是，為了避免混淆，最好只使用一個檔案。如果您的 PC 使用啟動載入器，其中 C: 不是開機磁碟機，則您唯一的選擇是使用 my.ini 檔案。無論您使用哪個選項檔案，它都必須是純文字檔案。

您也可以利用 MySQL 發行版中包含的範例選項檔案；請參閱第 7.1.2 節，「伺服器設定預設值」。

選項檔案可以使用任何文字編輯器建立和修改，例如記事本。例如，如果 MySQL 安裝在 E:\mysql 中，而資料目錄在 E:\mydata\data 中，您可以建立包含 [mysqld] 區段的選項檔案，以指定 basedir 和 datadir 選項的值：

[mysqld]
# set basedir to your installation path
basedir=E:/mysql
# set datadir to the location of your data directory
datadir=E:/mydata/data

Microsoft Windows 路徑名稱在選項檔案中是使用（正斜線）而不是反斜線來指定。如果您使用反斜線，請將它們加倍：

[mysqld]
# set basedir to your installation path
basedir=E:\\mysql
# set datadir to the location of your data directory
datadir=E:\\mydata\\data

選項檔案值中使用反斜線的規則在第 6.2.2.2 節，「使用選項檔案」中給出。

ZIP 封存檔不包含 data 目錄。若要透過建立資料目錄並填入 mysql 系統資料庫中的資料表來初始化 MySQL 安裝，請使用 --initialize 或 --initialize-insecure 初始化 MySQL。如需其他資訊，請參閱第 2.9.1 節，「初始化資料目錄」。

如果您想要在不同的位置使用資料目錄，您應該將 data 目錄的全部內容複製到新位置。例如，如果您想要使用 E:\mydata 作為資料目錄，您必須執行兩件事：